人事保卫部

负责博物馆人事管理、博物馆安全保卫、博物馆运营维护等（暂定）。

藏品管理部

负责博物馆藏品征集、编目建档、保护和研究等（暂定）。

陈列展览部

负责研究制定中国海关博物馆各类展览计划、项目申报，承担各类展览策划、内容和形式设计、制作与布展任务；负责博物馆纪念品 以及与馆藏文物、展览有关的艺术品开发、管理等工作；负责编写陈列展览解说词，负责观众的导览、讲解和重要来宾的接待工作， 负责观众调查和收集观众意见，组织开展社会教育活动宣传；配合完成文物征集工作。

办公室

负责博物馆各部门之间的行政协调、日常行政事务和资产管理等（暂定）。